Алиев был задержан в Чиракчинском районе Кашкадарьинской области. По данным СГБ, он находился в розыске за причастность к деятельности «Исламского движения Узбекистана», признанной многими странами мира, в т.ч. РФ и США.
Алиев дал признательные показания о своей противоправной деятельности. В частности, в 2000 году он присягнул на верность «Исламскому движению Узбекистана», проходил военную подготовку на территории Афганистана, а также участвовал в боевых действиях против правительственных сил Афганистана и коалиционных войск.
В 2005 году за осуществление религиозно-экстремистской и террористической деятельности, на основании показаний других членов «Исламского движения Узбекистана», следственным подразделением СГБ в отношении Закира Алиева возбуждено уголовное дело №646 по статьям 159, 223 и 2442 Уголовного кодекса Республики Узбекистан.
В настоящее время решается вопрос о применении в отношении Закира Алиева соответствующей меры пресечения.
